Altri eventi sicuramente storici sono un incendio, che danneggiò chiesa e convento, nel 1532 e le opere di ricostruzione e ampliamento che furono compiuti tra il 1644 e il 1660. Altri lavori riguardarono il grande refettorio, i cui due affreschi datano l’uno il 1681 e l’altro il 1723. Da notizie storiche si sa che nel convento era presente un’attività di lanificio, attività che sarebbe stata condotta fino al 1866, quando il convento fu soppresso, a seguito dell’unità di Italia, con il regio decreto 3036 del 7 luglio 1866 (soppressione degli ordini e delle congregazioni religiose), e la legge 3848 del 15 agosto 1867 che dispose la confisca dei beni degli enti religiosi. Superato l’ingresso principale del convento, si trova il chiostro a pianta quadrata, con pozzo centrale, risalente al secolo XV, circondato da un ambulacro che presenta sedici archi con colonne di epoca medievale; la varietà dei capitelli è sicuro indizio che si tratta di colonne “di spoglio”. Tutt’intorno, il classico ciclo di affreschi che ritrae scene della vita del santo di Assisi e medaglioni con santi francescani. Due affreschi più imponenti presentano uno l’Immacolata l’altro il martirio di alcuni missionari francescani avvenuto a Suakin.

Dal chiostro è ben visibile il campanile, restaurato nel 2002 come tutto il complesso conventuale. La chiesa del convento ha una pianta a croce latina e un’unica navata; il soffitto in legno, dipinto nel 1695, reca tre tele di cui quella centrale è attribuita ad Angelo Solimena (o alla sua scuola) mentre le altre due sono opera di Andrea Miglionico. L’altare maggiore e la balaustra in marmo risalgono ai primi decenni del secolo XVIII; alle spalle dell’altare maggiore il ben conservato coro ligneo settecentesco, intarsiato, e affreschi ad opera di Michele Ricciardi (che ha dipinto anche l’intero transetto nel 1721). Tra la navata ed il transetto si contano venti cappelle gentilizie. Nella cappella situata alla destra del coro, dedicata all'Immacolata, è presente un altare del secolo XVII, in legno intagliato; dell’altare era parte integrante la grande tavola dipinta da Teodoro d’Errico, ora collocata sull’altare maggiore. Nella cappella a sinistra, dedicata a sant’Antonio, è ancora visibile il settecentesco pavimento in maiolica che fino al 1953, anno in cui fu rifatta la pavimentazione, si estendeva a tutta l’aula liturgica.